검정고시가 불리해진 것은 맞습니다. 보통 수시 전형에서 검정고시 만점이라고 하더라도 3등급 정도뿐이 안주거나 심지어 4등급을 주는 곳도 많습니다.
하지만 수능은 별 상관이 없습니다.
수능의 경우는 학생부를 반영할 수 없는 검정고시는 비교내신(만약 수능 90%에 학생부 10%이고 총 만점이 1000점이라고 해볼게요.) 그러면 수능 900점, 학생부100점인데, 검정고시는 학생부가 없으니 수능 점수를 환산해서 학생부로 반영합니다.
예를 들어 수능 올1등급이면 학생부도 1등급으로 인정해주는 것 입니다.
다만 수능을 못보면 못보는 만큼 불리하므로 전체적으로는 불리해진다는 것입니다.